Questa Chiesa e uno dei più ricchi e preziosi monumenti di Padova e da calcolarsi fra i più celebri d'Italia. Non possiede una grande quantità di capolavori, ma quelli che ha furono tutti eseguiti da illustri artisti. La costruzione di questo tempio comincio nel 1264, ed in seguito certa Maria, moglie di Zaccaria Dell'Arena, regalo al Comune di Padova alcune case, sull'area delle quali si comincio a costruire la Cappella maggiore. Nel 1276 il Podestà Roberto dei Roberti, d'accordo col Consiglio, decreto che fosse costruita a spese pubbliche la nuova Chiesa, che poi, per scarsità di mezzi, venne coperta con un tetto di paglia.

Nel 1306 il frate Giovanni Eremitano reduce dalle Indie e grande architetto venne incaricato dal Comune di ricostruire il tetto del Salone della Ragione, ed in compenso ebbe in dono tutto il legname di grosse travi di rovere del vecchio tetto e le tegole, e con questo materiale il buon frate costruì l'attuale coperto della Chiesa dei suoi confratelli.

Il Convento degli Eremitani e l'attuale ex Distretto militare *, che nulla più conserva dell'antico valore artistico, perché dopo la legge Napoleonica del 1806 tutto ciò che conteneva venne venduto all'asta, e andò di spersa ogni cosa compresa la ricca e preziosa biblioteca. Con decreto 28 luglio 1806 il governo Napoleonico ridusse le parrocchie, ed a Padova da 28 che erano, rimasero 13. Fra le soppresse fu anche quella degli Eremitahi e la Chiesa rimase chiusa per due anni, finché nel 1808 per supplica del Vescovo al governo imperiale venne riaperta come sussidiaria alla parrocchia di S. Giacomo. Venuto il Governo austriaco, con suo decreto 25 aprile 1817 questa Chiesa fu di nuovo elevata a parrocchia come lo e attualmente.

Essa e povera assai, senza rendite, ed ha bisogno di grandi restauri edilizi; ma si spera in breve che sorga a Padova un Comitato artistico con l'intento di ridonare a cosi insigne monumento il suo antico splendore. Questa Chiesa contiene affreschi di Andrea Mantegna, del Guariento, di Guido Reni, dell'Avanzi, del Varotari detto il Padovanino ed opere delle scuole di Tiziano, Donatello Canova, Sansovino ecc. Basta leggere qualche guida di Padova, fra le quali quella ottima e sapiente del prof. Oliviero Ronchi, per convincersi della ricchezza artistica di questo tempio.

* NOTA
molti riferimenti geografici o toponomastici si riferiscono alla città come era ai tempi in cui i testi vennero scritti, ovvero nei  primi del novecento.